虽然民间的一些顽固势力对此依然颇有看法和微词，但这些声音却已经无法改变这一切的发生了。而且总体来说，那些在地方上有名望的人也多是有着商人背景或是与商人有着什么瓜葛的，为了自身的利益，他们自然会极力促成此事了，那些反对的者更是不可能有所作为。这正象是唐枫当初所希望的那样，当有更多的人和自己的利益绑在一处时，固有的守旧思想便不可能阻止变革的到来了。

除了商人和商业税收这一块外，唐枫对大明稳定的根本——卫所官兵也进行了察查。上百年来，因为吃空饷和抢夺官兵的土地，已经使得各省卫所官兵的数量急剧下降，即便留下的也多是些老弱，这才是李自成这样的反贼能造反成功的关键所在。若是明初时的大明军队实力，即便再是天灾人祸，也不可能让这些跳梁小丑有出头的一天。

之前唐枫虽然也知道这个问题，却因为有着更重要的事情需要处理，又不想两面作战，才暂时隐忍了下来。可如今朝廷里的官员已经被收服，又有不少人被派去积累经验，为今后政策的延续奠定着基础，他终于可以腾出手来处理此事了。

而在这段时间里，唐枫也并没有对这卫所里的弊病不管不顾，他早就秘密地让锦衣卫的密探对全国上百个卫所进行了暗中的调查，现在证据已经齐全，是该秋后算帐了。一道道的兵部调令，以及圣旨不断地从大明的中枢发了出去，整顿卫所的行动开始了。

唐枫知道，相比起来，北方的官军作风比之南边要强硬一些，所以这次他便先难后易，先拿南边江浙两省开刀。因为没有了嘉靖年间的倭寇之祸，所以现在这两省的兵力已经不是太多了，再加上某些将领的侵占土地，使得官军逃跑，这两个省的兵员十不足二，正是最好的开刀对象。

不过为了防止这两省的那些将领在眼看情况不妙而铤而走险，做出什么让当地混乱的事情，唐枫还命人给南京的驻军下了命令，让他们随时出兵以防不测。南京毕竟不比其他省州县，它的戍卫军队的人数还是没有人敢虚报的，所以有那里人马的镇压，江浙两省的各卫所官军即便真闹事也不可能造成太大的破坏。

果然，在看到朝廷的指令之后，那些当地的军官将领就有些慌了。虽然有那几个胆子大的想要做些什么，可是随即就被南京那边虎视眈眈的大军给威吓住了。这些人被查出了贪污数万两以上的银子，朝廷自然不会放过这些人，很快就将他们都给押解到了京城，由刑部和兵部一起对他们进行定罪。

随着南方数省的卫所得到了整顿，朝廷的重点就放到了北边。这个时候那些卫所的将领已经知道了此事，他们连忙开始征召兵马，希望能在朝廷查出确切的证据之前就掩盖一切。

他们这么做显然是有些小瞧了朝廷的能力了，早在向他们下手之前，朝廷已经通过了锦衣卫的密探掌握了他们的罪证，现在只想着随便找些人来填充军队数量，完全是一种掩耳盗铃的行为。朝廷奉命前来朝察的官员在一查之下就将其中的破绽给看了出来。

有了确凿的证据，这些将领自然无法再行狡辩了，而为了提防他们狗急跳墙，辽东等重镇的兵马全都陈兵于侧，那些将领别说绝大多数没有反意，即便有也只能放弃这种心思了。要知道在他们手上的人马看似众多，可实际数量却是大大的不足，还有部分是新近才招来的普通农民，如何能是久经沙场的精兵的敌手。而且这些将领的家眷还在朝廷的控制之下，唯一可以做的只有束手就擒了。

所以很快地，南北数百卫所就有近半的千户以上的将领被押送回了京城听参定罪。

不过唐枫这一次并没有真个大开杀戒，他很清楚之所以会有今日之弊，其实是百年来就一直存在的，实在怪不得那些将领们。但军纪却要严肃，必须要让后来者有一个警醒，只有这样大明军队的战力才有希望得到提高。所以他便做出了一个比较稳妥的处置手段，这一干将领，除个别最严重的人，以及在事发之后依然有着不轨心思的人外，其他人都只是被除去了一切职务，打发回了家乡当平头百姓去了。当然，人也是杀了几个的，那些是着重宣传的典型，为的就是给那些受压榨的军士一个交代。

做完了这个，朝廷又发出了明文，向民间征召兵丁，保家卫国。这一次不再行那朱元璋时的军户制度，而是改为的募兵制，不但当兵的可以随时离开军队，就连军队也能因为兵员素质的差别而遣送走士兵。当然，如今当兵的待遇已经比之以往要高了许多，除了充足的田地之外，还有不菲的军饷可用，足够让一般的人家心动了。

其实这募兵制早在嘉靖年间就悄然盛行了，那时候为了对付倭寇，戚继光等名将就从东南各省自己招募人马，这比之当时的卫所官军战力要强得多，倭寇也正是因此而被赶回了海外，得保东南的太平。不过朝廷对此是根本不会承认的，所以很快地这些被冠以“某家军”名字的军队就最终不见了。

可是这种募兵制因为所得战士的素质要远高于子承父业的军户制度，所以还是被有心人给继承了下去，比如之前的辽东军。孙承宗当初就是看通了这一层，才会在辽东招募当地青壮组成了辽东精兵，并且一守国门就是多年的。

这一点，不论是唐枫以现代人的思维，还是之后跟随着孙承宗学习的时候所得到的指点，都是很清楚的。所以在这一次对军队进行改革的时候，他毫不犹豫地就将之给推了出来。