但是就在各地士族逐渐安定下来之后，司马珂并不打算就此罢手。他又立即颁布政令，各家士族家中，不得拥有弩箭和铠甲，私兵之数不得超过五十人，弓箭不得五十，羽箭不得过千，限令一个月遣散多余的私兵，同时交出铠甲和弩箭以及多余的弓箭，否则视为谋反。
刚刚被打趴的士族，哪里还敢再反抗，只得乖乖的依照政令执行。私兵还好说，毕竟私兵和僮仆难以区分，将府内的私兵改个名称即可。但是弩箭、铠甲和弓箭这些，却是交得极其肉疼，虽然说不可能完全执行，但是也不敢隐匿太多，否则被查出来恐怕没有好果子吃。没有了弩箭和铠甲以及弓箭，就根本没有机会去反抗。但是在司马珂的残酷镇压之下，这些士族再也没有跟官府叫板的勇气。况且司马珂早就将屠刀磨好了，准备拿第一家叫板的士族开刀。
将众士族的嚣张气焰打压下去之后，司马珂又颁布了一道政令，那就是任何士族之家，所拥有的良田不得超过三千亩。
这一道政令发出后，司马珂并没有让各县令实际去丈量各家的土地。他此举的真正目的，是为了预防将来出现大量的良田万顷的大士族，然后再形成一股尾大不掉的势力。
也就是说，司马珂的改革方向是允许有大大小小的地主存在，但是绝对不允许有尾大不掉的士族力量存在。前者虽然也是压在百姓头上的大山，但是所图的无非是锦衣玉食、功名利禄，而士族却要影响和左右朝政。
其实在历史上的汉朝和晋朝，都有人提出过限田的主张。
为治理“兼并”问题，汉晋王朝均采取了“限田”政策。王莽新政曾实行过王田制，“更名天下田曰王田，奴婢曰私属，皆不得买卖”，但三年后又下诏，“诸名食王田，皆得卖之，勿拘以法”，宣布废止。东汉哀帝时，师丹又提出限田主张，被付诸实施为“吏民田皆不得过三十顷”的限田令，推行不长时间就“诏书且颁后，遂寝不行”。晋朝实行占田课田制，实际也是一种限田制。这些限田政策均以失败告终。这是因为兼并土地的不是农民，而是士族门阀集团，限田政策直接打击的就是他们的利益。正如荀悦《汉纪》所言:“土田布列在豪强，率而革之，并有怨心，则生纷乱，制度难行。”
但是司马珂的政令，正是在发布政令者手中武力强横，江北士族式微的时期，双方的力量悬殊较大，士族纵有怨心，也是无可奈何，故此能够得到有效的推行。
中原之地，经历数十年的战乱之后，已经是地广人稀，再加上司马珂禁止各士族将无主的土地据为己有，便导致官府手中拥有大量的田地。因为衣冠南渡的大潮之后，那些拥有良田万顷的大士族的田地都成了无主之物，此刻全部充公，意味着官府手中掌控了江北大半的土地。
司马珂一面令各州郡县做好统计和丈量工作，一面开始对北伐的军队推行军功评定，然后推行军功授田制度。
北伐大军几乎都是北面的流民和降卒组成，其中九成以上的都是祖籍在黄河以南，因为河北的流民大都往北面和西面跑了，只有河南的流民一股脑儿的往江南而去。
北伐军之所以能征善战，而且个个悍不畏死，其中一个重要的原因，就是这些北面的流民对羯人有着刻骨的仇恨。但是光靠仇恨和精神激励是不够，必须对这些有功之士予以奖励，才能让这只军队更加奋勇向前，没有后顾之忧。
司马珂将军功设为二十等，一等军功授田五百亩，第二十等军功授田两亩。凡在疆场战死者，一律最低按十八等军功，至少授田五亩，同时发放抚恤金五千钱给其家人，让这些战死的将士没有后顾之忧。
孟子曰：“有恒产而有恒心者，惟士为能；若民，则无恒产，因无恒心。苟无恒心，放辟邪侈，无不为已”。意思说没有长久可以维持生活的产业而常有善心的，只有有志之士才能做到，至于老百姓，没有固定的产业，因而就没有长久不变的心。
军田从本质上就是要将士卒束缚在土地上，令其不敢不听从命令，更不能逃跑，而军功授田则是用中国人最为看重的田土激励他们奋勇作战。反之，临阵退却，不服从命令者除了要承受军法之外，名下的军田也要被收回。
同时，军功授田，可以不动声色的让底层的黔首、流民、自耕农等渐渐的崛起，打击士族的特权，进而打破士族垄断阶级统治的局面。
军功授田的下一步是军功授爵，但是爵位要经过朝廷的批准，必当受到朝廷中士族的重重阻挠。司马珂自从上次与谢安交谈之后，知道自己迟早要走上那一步，所以没必要提早启动，把时间和精力耗在这方面。
司马珂又吸取秦汉时军功授田导致土地兼并严重的教训，凡军功所授之田，不可在民间买卖，若田地拥有者没有子嗣继承，则收归官府所有。同时，明确规定军功授田的上限，是不得超过两千亩。若达到两千亩的上限，则不再予以授田，以避免出现战功显赫的将领拥有大量的良田，再逐渐演化成军功起家的士族门阀，甚至出现可能谋国篡位的大军阀。
军功授田说起来容易，其实要推行起来工作量极大。光是土地丈量和统计，没有一两年的时间难以完成，军功授田制度推行也得在一年半之后了。况且如今地广人稀，很多土地都在抛荒状态，找不到人耕种，这些将士就算得到了田地，也只能抛荒。
但是推行军功授田的消息传出去之后，所有的北伐军将士，无不欢欣鼓舞，更有不少人激动得涕泪交流，高呼着“大将军万岁”。
军功授田让数十万的司马珂麾下的兵卒从此有了跻身的途径，使得这些北伐的士兵，对于战争的意义，有了新的理解。
之前，他们只知道羯人占他们家园，屠戮他们的家人，奸淫他们的妻女，逼迫他们背井离乡，逃到南方，对羯人心中充满着浓浓的仇恨。
但是随着北伐战争的一路大胜，不但将羯人全部赶到了黄河以北，而且这几年之间，不知屠戮了多少的羯人，心中的仇恨虽然依旧浓烈，却比当初北伐初始之时要减了几分。
如今，司马珂推行的军功授田制度，让他们在复仇杀胡的同时，还能为将来告老还乡时留下财富，哪怕是战死，也能留给自己的亲人，也算是了却了他们的后顾之忧。