清水凉明白这个游戏世界为什么叫柯学世界了，这里的主角就是你吧——大柯学家江户川柯南！

这个故事应该是这样的，能够自由伸缩的神奇小学生某一日被黑暗组织追杀，从悬崖坠下，被一个白胡子老爷爷搭救，老爷爷其实是隐居世外不世出的高人，传授了小学生一身绝学，用以惩恶扬善。

在此期间，还有其他的小学生不断加入队伍，更有甜美可爱的女孩子对主角芳心暗许，在适当时机，反派的冰山美人被主角打动弃暗投明。然而主角却有一个永远无法忘记的白月光。

在不断对抗邪恶的道路上，小学生主角团获得了爱与成长……

清水凉从想入非非中回过神时，案件已经被解决了。解决案件的是一直深藏不漏的阿笠博士——也就是那位世外高人白胡子老爷爷。

你大爷不愧是你大爷。

阿笠博士经过一番调查取证，推理出三河空才是真正的凶手。他把毒药放置在胶囊中，延长了毒发时间试图给自己制造不在场证明。至于清水凉，只是无意间被卷进去了。

“太好了，原来真的不是我啊。”清水凉长出一口气。她都开始规划逃跑路线了。

江户川柯南无语——她还真的认真地以为是自己害死了死者啊？

事情解决以后，清水凉感动地握了握阿笠博士的手，表示之后有时间一定要登门拜访，感谢阿笠博士为她洗清冤屈。

得知阿笠博士是个在搞私人研究的科学家后，她更是大方地表示会出资赞助阿笠博士的研究。

好久没碰到过冤大头，不是，慧眼识才的有识之士的阿笠博士当即也将清水凉引为知己，请她有空时务必到访，欣赏一下他的发明，像什么少年侦探团徽章啊，蝴蝶结变声器啊，发讯器和眼镜型追踪器啊……